Los túnidos y marlines se marcan para obtener información acerca de sus movimientos, migraciones, estructura del stock, crecimiento, tamaño de la población, mortalidad, comportamiento en cardumen y fisiología, que permita investigar las repercusiones de varios tipos de pesca sobre los peces y las pesquerías. Actualmente muchos organismos en el mundo entero están marcando túnidos y marlines allí donde se encuentren, y tanto los pescadores como los encargados de manipular el pescado, tienen oportunidad de encontrar peces marcados. ICCAT ha desarrollado un programa conjunto internacional de marcado en el Atlántico y mares adyacentes. Varios países miembros participan en el programa y liberan muchos túnidos, afines y marlines marcados con marcas “convencionales” o bien con marcas electrónicas de varios tipos (transmisores acústicos, marcas-archivo, marcas-archivo “pop-up”).

Para que un programa de marcado tenga éxito, es esencial contar con la colaboración, tanto de los pescadores deportivos como de la industria, en la recuperación de las marcas. Muchas de las marcas que han sido devueltas van acompañadas de datos incompletos o incluso sin datos, por lo que es obvio que se necesitan mejores sistemas de recopilación de la información sobre los peces marcados que se recapturan. Puede haber sustanciosas recompensas asociadas con la recuperación de un pez marcado, especialmente si la marca es electrónica. Estas recompensas las paga la agencia de investigación involucrada en la campaña de marcado. Además, para fomentar la recuperación de marcas, ICCAT celebra loterías anuales con premios de 500$ estadounidenses.

Existen tres tipos de marcas: convencional, archivo y pop-up.

Marcas convencionales

(También conocidas como marcas espagueti) se colocan en el pez.
Hay diferentes tipos para usarlas en peces de diferentes tamaños. Las marcas tienen un número de serie y una dirección para devolver la marca en caso de encontrarla en un pez.

Marcas archivo

Son un tipo de marcas electrónicas que registra información para una recuperación posterior. Las marcas archivo se implantan internamente y tienen un sensor de luz que sobresale del pez.

Marcas pop-up

Son otro tipo de marcas electrónicas. Se colocan de forma externa. Tras un tiempo predeterminado, se sueltan del pez y transmiten información vía satélite.